Ca’ Emo si presenta ancora nelle forme in cui fu eretta tra la fine del Cinquecento e gli inizi del Seicento e rispecchia la villa raffigurata nella bella xilografia tratta da “Le cento Città d’Italia” datata al 1895. Fino al 1830 Ca’ Emo sembrava sorgere in cima ad un piccolo colle naturale, dando così più eleganza e prospettiva alla facciata. Infatti si ergeva sulla motta che in quell’anno fu modificata con il terrapieno, ancora oggi visibile. Tale intervento ha modificato la via d’accesso alla salita e la viabilità nella parte superiore rendendo immediatamente prospiciente la facciata della Villa sulla strada selciata di via San Martino. Sappiamo che nel Seicento la Villa apparteneva a Marin Faliero di Venezia, mentre nel Settecento è tra i possedimenti del nobile Andrea Bon. Nel primo ventennio del Settecento passa di proprietà a Zuane Emo che la vende nel 1740 alla nobile famiglia Codognola. In questi secoli il complesso signorile, con annesso giardino a terrazzamenti sulla parte posteriore verso la salita al Duomo di Santa Giustina, è adibito ad uso abitativo. Nel 1823 Girolamo Codognola vendette il bene ad Antonio Zanellato. Nel 1836 venne posta all’asta pubblica e si aggiudicò la proprietà Giacomo Marigo di Monselice. Quest’ultimo la vendette al Comune di Monselice nel 1866: divenne l’Ospedale Civile. Nel 1923, con la costruzione del nuovo ospedale, Ca’ Emo divenne Casa di Ricovero per anziani finché nel 1935 venne adibita a Scuola di Avviamento e successivamente diventò sede della sezione staccata del “Liceo Ferrari” di Este. Tale istituzione scolastica rimase fino ai primi anni ’80.

Dalla metà degli anni ’80 del Novecento iniziò un periodo di lento abbandono e declino, anche se alcune stanze erano occupate provvisoriamente da alcune associazioni locali. Nei primi anni ’90 l’Amministrazione Comunale cedette in comodato d’uso l’intero complesso al Parco Regionale dei Colli Euganei affinché provvedesse al suo restauro e destinasse l’edificio ad uso pubblico per l’espletamento delle attività dell’Ente. Il Parco, nel 1994, assunse l’impegno di restaurare il complesso architettonico. Tale restauro restituì alla città di Monselice un bell’esempio di villa veneta. Infatti l’impianto architettonico si presenta con una facciata di evidente influsso scamozziano specialmente nel portale d’ingresso e nella forometria del balcone che, tripartito, dà ampia luce al primo piano. Nel corso del restauro si è potuto mettere in luce parte della stratificazione che la destinazione d’uso ha segnato nell’edificio: in particolare la parte medioevale della muratura primitiva delle case preesistenti inglobate nella costruzione del Seicento e le curiose scritte ad affresco sopra alcune porte che collegano l’androne con le ampie sale, oggi adibite ad attività culturali e alla promozione turistica del Parco dei Colli Euganei.

Dal 2003 parte della villa è adibita a sede operativa del Gal Patavino, organismo europeo per la promozione e sviluppo del territorio. Dal 2022 vi trovano sede anche alcuni uffici comunali.